Предметом деятельности института является проведение фундаментальных и прикладных научных исследований и работ в области эпидемиологии, микробиологии и биотехнологии; разработка, усовершенствование и реализация научно обоснованных мер и средств профилактики и борьбы с особо опасными, другими природно-очаговыми и социально значимыми инфекциями.

Основные виды научно-производственной деятельности института определены Уставом, утвержденным приказом Руководителя Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека Г.Г. Онищенко от 17.05.2011 г. № 507.